Vi sinh vật là những sinh vật đơn bào hoặc đa bào nhân sơ hoặc nhân thực có kích thước rất nhỏ, không quan sát được bằng mắt thường mà phải sử dụng kính hiển vi. Với số lượng, sự đa dạng và mật độ phân bố rộng rãi trong đất nên vi sinh vật có những vai trò hết sức quan trọng. Các vi sinh vật có lợi sống trong đất có đến 9 công dụng chính:
1. Phân giải các chất hữu cơ trong đất: Các chủng vi sinh vật như Trichoderma, Bacillus,… giúp phân giải các chất hữu cơ trong đất như cellulose, lignin,… để tạo nên các chất khoáng, mùn bổ sung cho đất.
2. Chuyển hóa các hợp chất khó tan: Một số vi sinh vật đất như Bacillus subtilis có khả năng chuyển hóa các hợp chất khó tan thành chất dễ tan giúp cây trồng hấp thụ dễ dàng như lân.
3. Cải thiện cấu trúc đất: Vi sinh vật đất giúp phân giải các chất xenluloza và protein. Các sản phẩm phân giải của chúng và các chất tiết trong quá trình sống của chúng đã liên kết các hạt đất với nhau tạo nên cấu trúc đất.
4. Chuyển hóa dinh dưỡng: khi ta bón các loại phân hữu cơ và vô cơ vào đất, phân tác dụng nhanh hay chậm đến cây trồng là nhờ hoạt động của vi sinh vật. Vi sinh vật phân giải hữu cơ thành dạng vô cơ cho cây trồng hấp thụ, biến dạng vô cơ khó tiêu thành dễ tiêu.
5. Tiêu diệt các loại nấm hại cây trồng: Một số chủng vi sinh vật đối kháng như Chaetomium, Trichoderma, Rhodopseudomonas,… giúp tiêu diệt những chủng vi sinh vật gây hại sống trong đất. Chúng ngăn cản tuyệt đối các chủng nấm hại xâm nhập gây hại vùng rễ và thân, lá cây trồng. Các vi sinh vật này có khả năng phá vỡ, làn tan vách tế bào của nấm bệnh sau đó tiêu diệt chúng.
6. Cố định ni tơ tự nhiên: Một số vi sinh vật đất có khả năng cố định ni tơ trong không khí, chuyển hóa đạm thành dạng NH4+ và N03– là dạng cây dễ hấp thu như Azotobacter
cải tạo đất, biến đất chai thành đất nàu nỡ - PH ĐẤT
7. Giải phóng các chất khoáng: Các vi sinh vật đất có khả năng giải phóng các chất khoáng bị giữ chặt trong đất thành dạng cây hấp thụ dễ dàng: lưu huỳnh, sắt, Kali,…
8. Sinh tổng hợp dinh dưỡng cho cây trồng: Vi sinh vật sống trong vùng rễ có quan hệ mật thiết với cây, chúng sử dụng những chất tiết của cây làm chất dinh dưỡng, đồng thời cung cấp chất dinh dưỡng cho cây qua quá trình hoạt động phân giải của mình. Vi sinh vật còn tiết ra các vitamin và chất sinh trưởng có lợi đối với cây trồng.
9. Tổng hợp acid humic: Hoạt động của vi sinh vật đất giúp hình thành acid humic, Acid humic cùng với các acid mùn khác có tác dụng kích thích sự phát triển của hệ rễ để hấp thu chất dinh dưỡng tốt hơn, cây sinh trưởng phát triển mạnh hơn.